これは送料無料サービスの商品と、送料を含む販売価格の商品の違いとお考えくださいますでしょうか。
当店で送料無料の商品は全て、送料を無料サービスにしております。そして送料別の商品はサービスの対象外ですので、合わせてご注文の場合、送料別の表示になります。
送料無料はあくまでサービスの一環として行っておりますので、サービス対象外の商品と合わせてご注文の場合、対象外の商品の送料が表示されますのは、現状の当店のサービスでは、不具合では無いと考えております。
もしこれが送料を含む販売価格の商品の場合でしたら、おっしゃる通り、送料込みの販売価格の商品と、送料別の商品を合わせてご注文の場合、送料は無料になるべきだと思います。